In samenwerking met ATKB heeft Ecofide in 2012 en 2013 de macrofauna monitoring voor de MWTL-lokaties van RWS Oost-Nederland en Zuid-Holland verzorgd. Afhankelijk van de lokatie werd de macrofauna bemonstering uitgevoerd met een Boxcore, Van Veenhapper of handnet. Ook de macrofauna op stenen is apart bemonsterd.